O projektu

Projektom  ''Omika  pristup  u  veterinarskoj  molekularnoj  medicini''  ostvaruje se sinergija s projektom VetMedZg financiranim u okviru FP7 programa. Korištenjem transkriptomike, proteomike i metabolomike u istraživanjima omogućit će inovativan pristup dijagnostici, dubinskoj fenotipizaciji i identifikaciji bioloških puteva. Ovakvi će pristupi jačati sinergije s horizontalnim aktivnostima u istraživanjima niza zaraznih, metaboličkih i nutritivnih bolesti kod pasa, peradi i goveda. Utvrđene promjene metabolita i proteina povezanih s određenim bolestima upotrebom novih biomarkera preciznije će odrediti potencijalne ciljne molekule u dijagnostici i terapiji bolesti, te unaprijediti zdravlje i dobrobit životinja.
Sekvencioniranjem  kompletnih genoma različitih vrsta životinja (pas, govedo, perad), genomika je dala ogroman doprinos istraživanjima u veterinarskoj medicini. Komplementarne metode  proteomike i metabolomike koriste se u sistemskom biološkom pristupu, međutim, primjena  rezultata istraživanja u veterinarskoj medicini je još uvijek ograničenog dosega. U cilju implementacije novih tehnologija, u veterinarskoj medicini pokrenut je projekt VetMedZg Veterinarskog fakulteta Sveučilišta u Zagrebu (FVM) koji financira EU, sa kojim su započeta proteomska istraživanja. Istraživanja na projektu VetMedZg, u sinergiji sa svojim horizontalnim programima (WP2 i WP4 u VetMedZg projektu), bit će proširena transkriptomskim i metabolomskim istraživanjima zajedno s kvantitativnom proteomikom, tako da utvrđene promjene metabolita i proteina povezanih s određenim bolestima mogu, upotrebom novih biomarkera, preciznije odrediti potencijalne molekularne ciljeve u dijagnostici i terapiji bolesti. Ovakvi će pristupi jačati sinergije s horizontalnim programima u projektima koji se bave istraživanjima niza zaraznih, metaboličkih i nutritivnih bolesti kod pasa, peradi i goveda. Nakon uspostavljanja vodećeg  laboratorija na Veterinarskom fakultetu,  nužno je maksimizirati ishode istraživanja i utjecaj ERA Chair projekta primjenom omika istraživanja u svim područjima značajnim za veterinarsku medicinu. 
Transkriptomika.  Nakon ekstrakcije ukupnih RNA iz uzoraka seruma, reverznim transkriptom identificirati će se miRNA, te specifično kvantificirati pomoću qPCR-a. Podaci će biti analizirani kako bi se utvrdilo koja je miRNA različito eksprimirana u pojedinim bolestima, a dobiveni rezultati će identificirati nove puteve u regulaciji ekspresije gena.

Proteomika. U identifikaciji proteina upotrijebit će se tekućinska kromatografija sa nano-protokom  povezana s masenim spektrometrom. U cilju kvantificiranja, peptidi će se vezati s izobarno obilježenim privjescima. Nakon bioinformatičke analize upotrebom programa MASCOT, GenBank, Cytoscape, Ensembl i Uniprot, dobit će se podaci o pojedinačnim peptidima i proteinima.
Metabolomika.  Nakon ekstrakcije proteina u uzorcima, kvantitativna metabolomska analiza bit će provedena upotrebom LC-MS/MS sustava. U kvantitativnom pristupu će se koristiti kitovi s mogućnošću kvantificiranja 400 metabolita u usporedbi sa standardima.
Eksperimentalni dizajn. U svakoj od 5 predloženih aktivnosti analizirati će se arhivirani uzorci (-20oC/-80oC). U istraživanjima će se koristiti uzorci seruma, urina, tkiva i mlijeka kontrolnih i eksperimentalnih skupina. Nakon pripreme uzoraka za kvantitativna proteomska i metabolomska istraživanja, relativne promjene u proteinima i metabolitima određuju se pomoću LCMS/MS. Također će se provesti transkriptomske analize na uzorcima.  Validacija rezultata dobivenih primjenom obje tehnologije  postići će se komplementarnim pristupima kao što su imunološke analize (ELISA, imunoelektroforeza) u slučaju proteinskih biomarkera  i plinska kromatografija (GC)-MS za male metabolite.

 

 

Radionice..

Predavanja

Konferencije

Ovaj projekt financiran je kroz Europske strukturne i investicijske fondove u okviru Operativnog programa Konkurentnost i Kohezija te dijelom kroz Europski fond za regionalni razvoj